В программе для каждого начисления есть возможность указать, должно ли оно индексироваться при расчете отпускных, или нет.
Откройте справочник 'Начисления', выделив необходимое начисление, нажмите кнопку 'Перейти', выберите 'Параметры'.
По умолчанию значение параметра 'НеИндексировать' не заполнено. Это значит, что это начисление будет индексироваться при расчете среднего заработка.
Если у вас оно не должно индексироваться, то выберите значение этого параметра равным 'истина'. Тогда оно не будет индексироваться.
В помощнике расчета отпускных предварительно перед самим расчетом на закладке 'База' установите флаг 'разворачивать по начислениям'. Вы увидите применение коэффициента индексации только к тем начислениям, для которых Вы его определили.