Выставление нескольких счетов по одному регистрационному номеру возможно только после закрытия заказа по основной базе.

Если требуется, чтобы каждая организация оплачивала свой счет на свою базу, то необходимо сформировать заказ на организацию, стоимость ключа защиты по которой, будет соответствовать в прайсе колонке «основная база». После получения ключа защиты на основную базу вы сможете поочередно оформить заказы на все дополнительные организации.

Если плательщик один, то  лучше сформировать счет для получения ключей защиты сразу для  всех организаций (информационных баз).