1. Проверьте, последняя ли у Вас версия программы.
2. Ознакомьтесь с материалами по НДФЛ здесь:
www.kaminsoft.ru/consultations/324-ndfl-2016.html и проверьте правильность настроек программы согласно
www.kaminsoft.ru/ndfl2016
3. Рассмотрите примеры заполнения:
www.kaminsoft.ru/forum/zarplata3-5/3752-...-rascheta.html#16387
Если это не помогает приводите КОНКРЕТНЫЕ примеры неправильного расчета из вашей программы (в том числе скриншоты документов)