При выплате зарплаты за март предоставляются вычеты сотрудникам, у которых облагаемый доход достиг 350000 руб. В чем причина и как избежать ошибок? релиз 5.5.82.1.

Добрый день.
Релиз 5.5.82.1 - это тестовый релиз, который выходит для тестирования и его рекомендуется ставить на копии базы. 
Вычеты применяются ежемесячно и НДФЛ рассчитывается на дату выплаты.
Необходимо проанализировать, в какой момент произошло превышение. Например, выплата 10 числа, еще нет дохода 350 тыс и применился вычет, затем выплата первой половины - программа выдает сообщение о превышении базы и вычет за месяц сторнируется. Либо у сотрудника есть накопленные вычеты.
Проанализировать необходимо по отчетам Регистр налогового учета по НДФЛ, отчет Вычеты сотрудников с группировкой месяц+документ. 
При корректном расчете данной ошибки не зарегистрировано.