В документе Расчет пособия по временной нетрудоспособности запрашиваем данные из ФСС, возникает ошибка (скриншот). 
(1С-КАМИН: Зарплата для бюджетных учреждений. Версия 5.5 (5.5.67.2))

Причём: 
- отчеты в ФСС с этой ЭЦП уходят
- отчеты в ФНС, ПФР с этой ЭЦП уходят

Добрый день.

 По данному сообщению можно сделать вывод, что однозначно проблема в криптопровайдере: 
1. Проверьте версию ( не устарела ли)
2. Проверьте срок, крипто про платный кпиптопровайдер, возможно закончилась оплата.
3. Если первые два пункта не решили проблему, переустановите криптопровайдер.

Переустанавливали и версия последняя, отчёты то уходят

Возможно не корректно переустановили. Попробуйте переустановить криптопровайдер снова, проблема явно в нем. Если не получится разобраться с ситуацией, обратитесь Отдел Внедрения фирмы КАМИН <ov@kamin.kaluga.ru> (услуга платная).

Можно ли настроить каталог для загрузки больничных постоянный?

Добрый день. При получении ЭЛН напрямую из ФСС или на основании СЭДО (уведомления об изменении ЭЛН, входящие запросы и т.д.), каталогов не требуется. Опишите подробнее последовательность ваших действий.

Открыть документ расчет пособия по временной нетрудоспособности (создание) - прямые выплаты ФСС - загрузить ЭЛН из файла (здесь нужен заданный каталог, а не папка документы)

Добрый день. Это не относится к настройкам конфигурации КАМИН, это системные настройки компьютера. Операционная система сохраняет последний каталог, к которому обращалось приложение при прикреплении или сохранении файла.