Здравствуйте ! 
у сотрудника было начисление например за январь 16 дней и сумма 24450 . 
затем в феврале сотрудник принес больничный лист . произошел перерасчет табеля . -16 дней , -24450 . 
считаем командировку , смотрим базу - февраль сумма 0, а дни не уменьшились . 
 

В "перерасчете табеля" проверяем "настройки документа". В закладке "перерасчет" установлен флажок "проводить отработанное время при перерасчете"?

да, с галочкой все корректно рассчитывает. спасибо !