Сотруднику вводится надбавка "За сохранность имущества" она должна считаться % от базы (оклад + надбавка "за разрывной характер работы") и при расчете в табеля в базу надбавки берется только "Оклад", "за разрывной характер работы" не взялось.
Если в настройке надбавки поставить галку "не рассчитывать в табеле", а вводить отдельным документом база берется правильно. Скриншоты прилагаются. Можно ли как-то сделать, чтобы правильно рассчиталось в табеле?
     

В табеле надбавка "За сохранность имущества"  должна следовать после  надбавки "за разрывной характер работы".  У вас наоборот.
Откройте "настройки учета" - перейдите в "настройки расчета". Установите галочку "определять приоритет расчета надбавок в табеле по настройке пользователя ".
По кнопке "настроить" определите порядок расчета надбавок.