При добавлении сотрудников подбором в документ удержание, некоторые сотрудники задваиваются, т.е. как на скриншоте 2.
Настройки подбора указаны на скриншоте 3. Сотрудники не увольнялись и снова не принимались.

Здравствуйте.

Смоделировали ситуацию на демо-базе. Ошибка не воспроизводится.
Для того, чтобы мы смогли разобраться с возникшей у Вас ситуацией, необходимо проанализировать Вашу базу.
Для отправки можно использовать один из следующих способов:
А) Прислать нам информационную базу по электронной почте hotline@kamin.kaluga.ru (частями не более 5Mb).
Б) Выложить на файлообменник информационную базу (например, Яндекс.Диск) и отправить нам ссылку на ее скачивание.
Обратите внимание, при наличии пользователей и паролей при входе в ИБ, укажите их.

Обратите внимание, на диске ИТС есть типовая обработка 1С «Изменение конфиденциальной информации» (для конфигураций версий 3.0, 3.5, 4.0), предназначена для очистки информации в информационной базе.
В управляемых приложениях версии ЗП 5.0, 5.5, обработка «Скрытие конфиденциальной информации» встроена в конфигурацию.
Внимание! Обработки: «Изменение конфиденциальной информации» и «Скрытие конфиденциальной информации» запускать только на резервной копии ИБ – процесс необратимый.