Добрый день. Проводим прочий доход, НДФЛ удерживается, в отчетность все встает красиво, но в своде универсальном сумма НДФЛ с прочего дохода встает на "-" и сумму на выплату у работника уменьшает. Получается и прочий доход получил за вычетом НДФЛ и основную зп получает за вычетом НДФЛ с прочего дохода. Как правильно надо оформить?

Добрый день.
Когда выплачиваете зарплату сотрудникам и сумма НДФЛ отражается на закладке Удержанный НДФЛ и при этом на закладке Выплата, где сальдо уменьшено на сумму налога - такого вопроса у Вас не возникает.
Не путайте:
Удержанный НДФЛ - это рассчитали и удержали для отражения в отчетности. А сальдо сотрудника должно быть уменьшено на сумму удержания НДФЛ, т.к. налог платит сотрудник.
Получается и прочий доход получил за вычетом НДФЛ и основную зп получает за вычетом НДФЛ с прочего дохода
Если Прочий доход, значит натуральная форма (подарок, зерно, молоко) - как вы могли с него удержать безналичные деньги в виде налога и перечислить в бюджет.