Добрый день. 
Ситуация
15.01.24 сотруднику посчитали отпуск 10 000
15.01.24 посчитали  оклад 5 000(за отраб дни)
15.01.24 посчитали алименты 3262,5
15.01.24 выплатили отпуск (10 000 -ндфл(1300) - алименты 3262,5) = на руки 5437,5
24.01.24 Стали делать выплату за пер половину(остатки)  5 000 -  ндфл(650)  - алименты 3262,5(опять). = на руки 1087,5

Соответственно сальдо невыплаченной  зп 3262,5. 
в настройка в обоих выплатах стоит с учетом предыдущих выплат удержаний с 01.01.24 по 24.01.24.
Камин 5.0 не может отслеживать что сумма удержаний уже удерживалась? или мы что-то делаем не так? Спасибо.

Здравствуйте. 

Не учитывается. В выплате за первую половину месяца нужно либо снимать флаг учета удержаний, либо менять период для учета удержаний, чтобы в него не попадала дата удержания (которое ранее было удержано при выплате отпускных).