5.0.97.2
При расчете документа "Конец месяца" заполняются только
реквизиты "Всего начисленно" и "Не облагается" одинаковыми значениями. 
Особенности: база после конвертации с 3.0.125.
Конвертация прошла без проблем.
Вид тарифа - Тариф пониженный 7,6 %
Настройки начисления - Облагается полностью во все фонды

1. По документам начислений (например, табель) откройте движения по регистру "База для страховых взносов". Какой вид дохода указан?
2. Покажите скриншот справочника "виды доходов для страховых взносов".

  По документу табель в движениях по регистру "База для страховых взносов" указаны виды дохода 
Заработная плата и 
Выплаты по договорам гражданско-правового характера (за исключением авторских вознаграждений) (пп.6 п.1 ст.208 НК РФ)
 

Если в начислении указан вид дохода "облагается полностью во все фонды", то перепроведите документы начислений. Изменится "вид дохода" в регистре "база для страховых взносов"?

Сделал. Изменений нет. 

Для того чтобы мы смогли разобраться с возникшей у Вас ситуацией, необходимо анализировать Вашу базу.
Выложите на файлообменник информационную базу и отправьте ссылку по электронной почте Hotline@kamin.kaluga.ru на ее скачивание.
Обратите внимание, при наличии пользователей и паролей при входе в ИБ, укажите их.

В письме укажите ссылку на данную ветку форума.
Можно дозвониться на ЛК, предоставить удаленный доступ, специалисты ЛК помогут разобраться с настройками.