Добрый день! Можно ли в 5.0 массово пометить документы на удаление (например: все документы, кроме справочников, за период больше года пометить на удаление, чтобы потом удалить)?

Воспользуйтесь обработкой "свертка информационной базы" - раздел "Администрирование".
Из справки:
Обработка "Свертка информационной базы" предназначена для выполнения операции свертки информационных баз, созданных на основе конфигурации "1С-КАМИН:Зарплата. Версия 5.0".

При выполнении свертки происходит формирование документов ввода остатков по регистрам на определенную дату (дату свертки) и удаление не используемых документов и движений по регистрам (сведений, накопления, бухгалтерии) до даты свертки включительно (сворачиваемый период). Основные цели свертки:

Увеличение скорости работы системы.
Уменьшение размера информационной базы.