Если в "Своде универсальном" в настройках указать опцию "неотработанное время", то по оформленному в отпуск человеку будет показано задвоенное количество дней. Видимо данные берутся и регистра расчета "Неотработанные дни", а в этот регистр пишут оба документа и "Начисление по среднему" и "Кадровый приказ на отпуск". Можно это как-то исправить?

Оформлено предложение №4430 и передано в отдел разработки.
Текст предложения:
Если в приказе на отпуск в настройках установили флажки "регистрировать время" и "добавить запись об отпуске", тогда в документе "начисление по среднему", созданному на основании данного приказа, в настройках автоматом установить флажки "не проводить время" и "не добавлять запись об отпуске".

На данный момент вам необходимо либо в приказе убрать выше указанные флажки, либо установить в "начислении среднем".