1С-КАМИН:Зарплата. Версия 5.0 (5.0.61.4)
Введено Штатное расписание с признаком Изменение существующего, в новом расписании отсутствует одно подразделение, но это есть в предыдущем ШР, при печати формы Штатное расписание, также печатается и отстутствующее подразделение, при печати формы Документ, печатаются только подразделения присутствующие в текущем документе. в описании к документу указано что новое ШР отменяет действие предыдущего, это ошибка печати или так задумано?

Здравствуйте.

При печати документа печатаются данные именно этого документа (изменения).
При печати с выбором Штатное расписание, выводится печатная форма Т-3 существующего документа с видом "новое ШР" с учетом изменений, внесенных в данный документ.

Если Вам необходимо полностью заменить существующее ШР, то его необходимо создать с видом "Новое". В этом случае Новое ШР полностью заменит существующее.