Версия 4.0(4.0.42.3)

В константах галочка стоит: рассчитывать НДФЛ на дату выплаты дохода.

Если начислять отпуск в первых числах месяца, например с 1 по 5, пусть будет апрель, то за март данных еще нет.
Т.е. делаем расчет без марта и в межрасчетных выплатах(например от 02.04.2016) по среднему, начисляем НДФЛ без марта.
Далее в зарплату возвращаемся в этому отпускному и корректируем с учетом марта.

Вопрос? Каким образом добрать НДФЛ по отпуску, в документе НДФЛ отпуска не контролируются.