Несколько подразделений предприятия работаю по суммированному учету(около сотни сотрудников). График работы индивидуален у каждого сотрудника. Учетный период 1 квартал. У работника установлена система оплаты - оклад. Как настроить расчет зарплаты исходя из этих данных? Каким документом заводить график работы на квартал? Какая настройка отвечает за учетный период?

Рабочий табель сотрудника в программе Вы можете занести в документе "Начало месяца" ежемесячно.
Рассчитать доплату за сверхурочную работу Вы можете в документе "Начисление простое" с помощником "Расчет доплаты за сверхурочную работу".

Хотелось бы получить пошаговую инструкцию, по заведению норм времени для сотрудника. Двум сотням человек с индивидуальным графиком работы, необходимо создать свой табель?Табель будет создан на месяц или на квартал? его потом привязывать к каждому сотруднику свой?

Создается рабочий табель сотрудника, по которому сотрудники будет работать ежемесячно. Если у Вас нестандартный график, то Вы заполняете шаблон, указывая количество дней шаблона, а в каждом дне указываете какой он - рабочий или выходной и количество часов. Нормы по табелю на месяц заносятся в документе "Начало месяца". Ввести нормы на полгода в одной документе в программе невозможно, только помесячно.