После корректировки в октябре за двоенного дохода и ндфл в мае(вложение) ,при выплате зарплаты за октябрь сумма НДФЛ вышла больше чем сумма дохода (вложение).ПРи этом справка 2 ндфл теперь формируется верно,а уведомление не учитывает корректировку даже после введения документа расчет НДФЛ с его пересчетом(возвратом).Что сделано не так?

Добрый день.
Ситуация не ясна.

Для того чтобы мы смогли разобраться с возникшей у Вас ситуацией, можно поступить следующим способом: 

Выложить на файлообменник информационную базу  и отправить по электронной почте Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в вашем браузере должен быть включен Javascript.  нам ссылку на ее скачивание, с описанием  последовательности действий, приводящих к ошибке.  Обратите внимание, при наличии пользователей и паролей при входе в ИБ, укажите их. 

Обратите внимание, на диске ИТС есть типовая обработка 1С «Изменение конфиденциальной информации» (для конфигураций версий 3.0, 3.5, 4.0), предназначена для очистки информации в информационной базе.В управляемых приложениях версии ЗП 5.0, 5.5, обработка «Скрытие конфиденциальной информации» встроена в конфигурацию.Внимание! Обработки: «Изменение конфиденциальной информации» и «Скрытие конфиденциальной информации» запускать только на резервной копии ИБ – процесс не обратимый.