Делаем в октябре корректировку отпуска сотруднику, зарплату рассчитываем табелем. В итоге получается сумма с -. В расчетных листках и своде сумма с -. В документе НДФЛ заполняется только зп, сумму корректировки не видит. Соответственно и в регистре НДФЛ сумма за октябрь садится +. Что делаю не так?

НДФЛ с корректировки отпуска, как и с отпуска рассчитывается в документе выплата. Поэтому либо документ Выплата с галочкой в настройках НДФЛ "возвращать излишне удержанный налог", либо документ НДФЛ с галочкой "возвращать.." и галочкой "рассчитывать с доходов с признаком.."