Добрый день релиз 58.2. Сразу 2 вопроса:
1. Сотруднику начислено за месяц 2000 рублей по 211_внебюджет, НДФЛ ставит налог 274 рубля. Распределение НДФЛ стоит везде одинаковое. Да и по таким параметрам КБК/подразделение/статья больше начислений нет. С чем может быть связано?
2. У сотрудника удержано в ноябре 103 рубля, сотрудник увольняется. Все отчеты видят удержанный налог=исчисленному кроме 2НДФЛ. Нет разницы, ставим галочку 2НДФЛ по-новому или старому.

1. Некоторые строчки мне не нравятся в в 1 скриншоте:
вторая строка доход 1880,10 * 0,13 = 244, а стоит 208 - разница 36
предпоследняя (о ней Вы говорите) 2000 * 0,13 = 260, а стоит 275 - разница -15
последняя 55462,53 * 0,13 = 7210, а стоит 7231 - разница -20

---

Итог разницы +1
Есть подозрение, что после расчета НДФЛ переделывали в каких-то документах разбивку по источникам, статьям затрат, в целом не меняя суммы начислений, но НДФЛ не пересчитали, или в документе НДФЛ, или в Выплатах.
Попробуйте сделать карточку сотрудника по источникам, статьям и ручками пересчитать НДФЛ и сравнить с начисленным НДФЛ. Трудоемко...
И второй кружочек с какой целью обводили?

2. Наиболее распространенная ошибка при формировании 2-НДФЛ в течение года, по крайней мере, у моих клиентов: на закладке настройка расчета не изменяют дату Выбирать данные удержанного налога по дату (вторая строка). Она остается текущей, например, 25.11.2016, а расчет документа НДФЛ или Выплата сделаны позже.
PS. Категорически не нравится регистр НДФЛ: рассчитанный НДФЛ в одном месяце, а удержанный - в следующем.
PPS. Не вижу связи документа Выплаты с описанной ситуацией, так как нет даты документы. Если это последняя Выплата, то где-то был косяк при Выплате отпускных, вероятно дважды в закладке Удержанный НДФЛ. Помогает только полностью удаление из документа сотрудника и добавление его вновь, более поздние выплаты должны быть при этом отменены.

По 1 вопросу. Особо интересует именно 2000 рублей. Ибо это начисление ноября. 2000 код/211 внебюджет, за весь год только эта сумма прошла. Остальные я еще как-то понять могу, хотя пересчитала и документы НДФЛ и выплаты с НДФЛ.
По 2 вопросу, спасибо, не знала, что такая галочка есть

Есть ли у Вас нет учета сальдо по статьям затрат (это в константах), то учет НДФЛ будет только в разрезе источников. Сформируйте карточку в разрезах и выложите скриншот.