В отчете 6-ндфл даже сумму дохода не возможно сверить.
Сумма дохода отличается от расшифровки из того же отчета, как так?
Во всех отчетах сумма дохода разная! (свод универсальный, расчетная ведомость, свод ндфл, ведомость ндфл, расшифровка 1 раздела 6-ндфл).

Разработчики! Объясните все популярно, в чем дело!

Сумма дохода = Всего Начислено с начала года по дату конца отчетного периода за который сдаете например 30.09.2016 (по своду универсальному)-Суммы не относящиеся к объекту налогообложения (Код НДФЛ 0001) за тот же период- суммы дохода, которые начислены в сентябре, а выплаченные в октябре не ЗП (то есть не 2000 кода НДФЛ), смотрит именно по дате получения дохода. Если высчитав данную сумму у Вас не сходится в отчете с расшифровкой доход, проверяйте по кому именно и какой период. Ошибка бывает в Выплатах не правильно встал доход в удержанный НДФЛ.

Доход заполняется в первом разделе из регистра НДФЛ, а не "НДФЛ удержанный".