Добрый день!
Такая ситуация: есть сотрудник, уволен 30.06 с основного места работы, в июле и августе по нему начислений нет. 30.09 с ним был заключен договор на внутренне совместительство. в документе НДФЛ у него производится удержание в 1 рубль с дохода по основному месту работы, хотя дохода там нет, есть только по внутреннему совместительству

Из той же оперы.
Какая разница: основное или совместительство? Для налоговой все едино. И Справка 2-НДФЛ будет одна, и доход, и налог будет посчитан со всех доходов без учета статуса работы.
Если Вы даже очень захотите разделить эти справки, налоговая скажет - дубликат... и не примет. И из-за этого рубля человек пойдет в налоговую сдавать декларацию. Хуже, если к нему придет уведомление об неуплате 1 рубля, на него нащелкают пени 4 рубля, дадут штрафу 500 рублей. И Вашей организации тоже штраф за то, что не сообщили о невозможности удержать (справка 2-НДФЛ с признаком 2).
Вы хотите такого развития событий?
По-моему, вывод очевиден.
Если выложите налоговый регистр, то можно попытаться объяснить, почему так получилось.

С вычетами все в порядке.
Вот скрин регистра

Зачем регистр НДФЛ? - это учетная система 1С.
Нужен отчет Налоговый регистр по кнопке карточки..