Каким образом сделать так, чтобы НДФЛ не распределялся в разрезе подразделений? Раньше не учитывали, а теперь после обновления повылазили минусы именно в разрезе подразделений в расчете НДФЛ. И убираем галочку в настройке перед расчетом - ничего не помогает. Как выдавать зарплату не понятно...

В настройке в документе НДФЛ отнесите на определенное подразделение, а не распределяйте. Также данная настройка есть в документе "Выплата". Скорее всего в выплате где-то пустое значение по подразделению указано.