У нас камин 3.5. Сдали отчет 4-фсс за 1 кв. 2016г.
Позвонили с ФСС, сказали, что надо разделить взносы по ФСС от НС по двум тарифам:
1. 0,2% облагается ФОТ с бюджетных средств.
2. 0,3% облагается ФОТ с внебюджетных средств.

Как реализовать в программе?

Кроме как двоить справочник Начисления не приходит в голову. А за что Вас так ФСС наказывает?

Создать два отчисления, настроить базу для расчета каждого. В форме 4-ФСС можно заполнить таблицу 6 по выбранному отчислению, но в файл выведется раздел 2 только один раз (в соответствии с форматом). Как ФСС Вам предлагает представлять 4-ФСС?

Оказывается есть простое решение! Сам был удивлен когда обнаружил. Ай да Камин, ай да ....!!!
В справочнике Отчисления старое отчисление переименовываете в ФСС НС 0,2% и настраиваете базу по КБК (там есть ссылка "по всем КБК"), создаете новое отчисление ФСС НС 0,3% и тоже настраиваете базу по КБК.
Я надеюсь, что Вы ведете учет в разрезе КБК?