В Замещении ставлю "Рассчитывать надбавки замещаемой должности" - не считает. Что надо сделать, чтобы считались надбавки сотрудника, которого замещают?

В должность добавить надбавки.

Да, но только в справочнике "должности" не удается добавить надбавки со способом расчета "выслуга лет" и "% от ставки + надбавки", т.е. реально пользоваться документом "замещение" не получается (если по совмещаемой должности, к примеру, другая шкала выслуги лет или если применяется бестарифная система оплаты)