Добрый день!
Если речь идет только об отрицательном сальдо у сотрудника в отчете "Свод универсальный", то достаточно при выплате зарплаты, например, за октябрь в документе "Выплата" с помощником "Выплата зарплаты" выплатить сумму с учетом задолженности.