В документе "Межрасчетные выплаты" формируем выплату с отпусков и б/листов. Ставим галочку стандартные вычеты не применяются. А при расчете НДФЛ в конце месяца, программа должна учитывать ранее рассчитанный НДФЛ и применение вычетов. У меня в программе это не применяется, хотя галочка в настройках стоит.

В настройках документа "Расчёт НДФЛ" галочка не должна стоять в настройке "Не применять стандартные вычеты к доходам текущего месяца". А у вас стоит?

Галочка не стоит.