Доброго времени суток!
Суть в следующем: в базе есть долги перед сотрудниками по выплате заработной платы,
срок которых более 3-х лет.
Сотрудники уже давно в организации не работают, выплатить эти долги им не получится.
Подскажите, как в в Камине списать эти суммы?
Заранее спасибо за ответы!

Тут очевидная ошибка в учёте.
Если заработная плата начислена и готова к выплате, но работник по каким-то причинам не может её получить, её следует задепонировать (удержав при этом НДФЛ).
Тогда по данным учёта зарплаты она будет считаться выплаченной.

Проще говоря, задолженность перед сотрудником (сч70) превратится в задолженность перед контрагентом -- физическим лицом ("прочим кредитором", сч76). И уже в бухгалтерии её можно списать по истечении срока давности, как и любую другую просроченную кредиторскую задолженность.

То есть в вашей ситуации следует говорить об исправлении учётной ошибки. По-хорошему надо внести исправления в учёт зарплаты 3-летней давности. И сдать уточнённые справки 2-НДФЛ.

а если сумма этой не выданной зарплаты у сотрудников 1-2 рубля, то бишь выплатили по каким то причинам меньше на вот эти копейки, это сути дела не меняет?

В зарплате (читай: в КАМИНе) такие суммы в любом случае надо отражать через выплату (а уж "Выплачено" или "Депонировно" -- как подскажет здравый смысл).
И, если речь идёт о "копейках", тогда, конечно, никаких 2-НДФЛ переделывать не стоит. Да и выплату можно провести текущим годом.

А на будущее -- такие "хвосты" лучше подчищать до закрытия года.
И особо обратите внимание: нельзя оставлять невыплаченную зарплату. Это, кроме всего прочего, "красная тряпка" для проверяющих; невыплаченная зарплата ставится на отдельный контроль, по ней нужно начислять компенсацию за несвоевременную выплату, и т.п. А вот депонированная зарплата -- уже как бы и не зарплата, и к ней нет никакого особого внимания.

скажите, правильно ли я понимаю, что нужно сначала перенести задолженность допустим в текущий месяц, а потом сделать выплату, установить галку "депонировано", а потом уже в Бухгалтерии 3.0 списать эту задолженность?

Да, это один из вариантов.