У вас в релизе 3.0.83.2 в процедуре "ПолучитьПризнакДляРасчетаНДФЛ()" было следующее -

Запрос.УстановитьПараметр("КонДата", Макс(КонецМесяца(Документ.Дата), КонецМесяца(Период.КонДата)));

В результате запрос "не видел" ряда документов, если их делали в последнем дне месяца временем 23.59.59

В новом релизе 3.0.84.2 вы исправили, теперь

Запрос.УстановитьПараметр("КонДата", Макс(КонецМесяца(Документ.Дата)+1, КонецМесяца(Период.КонДата)+1));

Это скорее всего будет работать, но правильно все таки вот так -

Запрос.УстановитьПараметр("КонДата", Новый Граница(Макс(КонецМесяца(Документ.Дата), КонецМесяца(Период.КонДата)), ВидГраницы.Включая));