Добрый день. Подскажите, пожалуйста, как настроить вычеты по НДФЛ в пределах месячного дохода сотрудника, ведь зачастую бывают так, что на протяжении всего года из месяца в месяц вычеты превышают суммы начислений за месяц. Заранее спасибо.

Ни чего настраивать не нужно:
вычеты следует суммировать (накапливать). Ведь налогоплательщик имеет право на получение вычета каждый месяц в течение налогового периода (п. п. 1 - 4 ст. 218 НК РФ). И никаких исключений это правило не содержит, будь то отсутствие дохода по итогам месяца или его небольшая сумма, которой не хватает для применения вычета.
Налоговый кодекс РФ установил запрет на перенос неиспользованной суммы вычетов с одного налогового периода на другой. То есть если в календарном году сумма вычетов превысит сумму полученного дохода, то сумму превышения нельзя перенести на другой календарный год. Она так и останется неиспользованной (п. 3 ст. 210 НК РФ).
Но в отношении применения вычетов в рамках одного налогового периода (календарного года) такого запрета нет. Тем более что сумма НДФЛ исчисляется налоговым агентом нарастающим итогом в течение налогового периода (абз. 1 п. 3 ст. 218, п. 3 ст. 226 НК РФ). А если вычеты налогоплательщик заявляет на основании декларации (п. 4 ст. 218 НК РФ), то и в этом случае налоговый орган будет определять налоговую базу в целом за год (п. п. 1, 3 ст. 210 НК РФ).