Ранее мы производили начисления компенсаций за неиспользованный отпуск при увольнении по коду дохода 2012 (как отпускные) и проводили межрасчетной выплатой. Все устраивало.

В многочисленных рекомендациях и консультациях указывается что начисление компенсации за неиспользованный отпуск должно производиться по коду дохода 4800 (иные выплаты) и соответственно проводиться межрасчетной выплатой.
В результате применили настройку для кода 4800 "расчитывать НДФЛ на дату выплаты" и производим начисления компенсации по коду 4800.

Теперь проблема:
Ранее (до настройки) мы производили начисления не работникам предприятия (например бывшим работникам вышедшим на пенсию) по коду 4800 на конец месяца (без межрасчетных выплат) и выплачивали 15го числа следующего месяца. Теперь это невозможно, поскольку приведет к расхождению с требованием к срокам удержания и перечисления НДФЛ и будет отображаться в отчете 6-НДФЛ.

Что можно сделать в такой ситуации?

А в чем Вы видите расхождения с требованием к срокам удержания и перечисления НДФЛ?