Здравствуйте.
В течение месяца, если были отпускные, создаем документ "Перечисление НДФЛ" как раз с удержанным НДФЛ с сумм этих отпускных. При окончательном заполнении документа "Перечисление НДФЛ" после расчета зарплаты суммы с ранее перечисленного НДФЛ с отпускных снова попадают в этот документ. В чем причина такого поведения программы?

Ставьте способ заполнения - "По неперечисленному"

В чем разница заполнения по удержанному НДФЛ или по не перечисленному как правильно нужно делать?

vika2212

В чем разница заполнения по удержанному НДФЛ или по не перечисленному как правильно нужно делать?

"Как правильно" - определяет расчетчик, как ему нужно в конкретной ситуации.
Если нужно распределить сумму платежного поручения пропорционально удержанному за период НДФЛ, выбирается "распределением суммы платежного поручения" "по удержанному".
Если нужно распределить сумму платежного поручения пропорционально неперечисленному за период НДФЛ, выбирается "распределением суммы платежного поручения" "по не перечисленному". (кстати, "неперечисленный" пишется слитно)
А если нужно определить, сколько было удержано НДФЛ за период, чтобы определить сумму платежки, а потом это перечисление распределить по сотрудникам, то выбирается "с учетом коэффициента" "1" "по удержанному".
А если нужно определить, сколько осталось перечислить НДФЛ за период, чтобы определить сумму платежки, а потом это перечисление распределить по сотрудникам, то выбирается "с учетом коэффициента" "1" "по неперечисленному".
И так далее...