Потестировав немного новую форму нашел один нюанс, может кому поможет:
Увольняем сотрудника в 15 февраля.
У сотрудника начислен оклад за январь - 8000р,
за февраль: оклад - 7000р, больничка - 4000р.
Посчитаны и проведены документы "Расчет ндфл" за январь и февраль.
Выплату зарплаты делаем одну 15 февраля с признаком "учитывать задолженность"
Программа рассчитывает все правильно. (Расчет подоходного с больнички и сумму к выплате с учетом января ставит правильно).
А теперь нюанс:
В документе выплата на закладке "удержанный НДФЛ" нет строчки об удержанном подоходном за январь, в результате чего в 6-НДФЛ в разделе 2, в строке с доходом за январь, этот доход не выплачен, хотя мы его выплатили в феврале.
На данный момент делаем отдельно выплату зарплаты за январь и отдельно за февраль.
Релиз 3.0.80.2 Скринщоты прилагаются.

Да с уволенными сотрудниками беда. В релизе 81.2 добавили отчет "Сравнение НДФЛ рассчитанного и удержанного". Теперь можно отследить разницу. В документе "Выплата зарплаты" добавили возможность выбрать период. В моем случае, человек увольнялся в марте, получил расчет по коду 2000 за март и за февраль, пришлось указать период с 01.02.16 (для доходов за февраль) и по 30.04.16 (для доходов за март). Кривенько, но сработало. Да, и лишние коды доходов, типа подарки (у нас по ним признак "Удерживать НДФЛ при выплате" и проводили отдельным документом "Межрасчетная выплата") пришлось ручками удалить.