Ошибки нет в программе. Принимается сотрудник в первый раз - это всегда "Основное место работы", независимо от флажка "Внешний совместитель".
Хорошо, тогда как его уволить, чтобы в Справочнике - Сотрудники он потом не висел, как работающий? Скриншоты чуть выше.
Он "Увольняется", если база не "кривая". По этому сотруднику и в кадровых сведениях по документам "Изменение" и "Увольнение" должна быть пометка "Основное место работы". Должен помочь перевыбор сотрудника в документах.