Добрый день! Если работник остался должен, т.к. аванс выплатили больше,как правильно оформить это? В расчетном листке к выдаче стоит сумма с минусом. (например -5000) Надо ли делать выплату этой минусовой зарплаты и ставить на удержание эту сумму? И как быть с НДФЛ?

Добрый день.
Если сотруднику выдали аванс больше, чем положено - можно ввести документ Выплата первой половины с настройкой Корректировка и заполнить доход и НДФЛ с минусом вручную. Сумму к выплате 0. В следующей выплате зарплаты учесть задолженность по сальдо.
Либо попробовать добавить сотрудника в документ Выплата зарплаты за данный месяц. Сумму к выплате указать 0. На вкладке Расчет НДФЛ при этом произойдет перерасчет налога, а именно сумма дохода и НДФЛ будут отрицательными. На вкладке Удержанный НДФЛ флаг «возврат» в таком случае ставить не нужно. Сама сумма переплаты зачтется в следующей выплате заработной платы при наличии положительного дохода по сотруднику.

создала документ выплата за данный месяц. Сумму к выплате поставила 0. На вкладке Расчет НДФЛ доход стоит с минусом, а НДФЛ пустая строка. Может быть с настройкой НДФЛ что-то не так?

Удержанный пустая закладка? Может флаг Выпллачено не поставили?

Вкладка Расчет НДФЛ пустой НДФЛ. Выплачено поставила.
Вкладка Удержанный НДФЛ тоже НДФЛ пустой. С минусом только доход во всех вкладках

Смоделировано:
25.01 выплата первой половины 20000 (2600 НДФЛ), табель начислен на 15000. Далее 10,02 выплата зарплаты за январь с настройкой Возвращать излишнеудержанный. На закладке Выплата минус изменила на 0, на закладке Расчет НДФЛ -5000 и НДФЛ -650. На закладке Удержанный сняла флаг Возврат. При проведении документа вышло сообщение Сотрудник Антонова И.Е. - нет суммы к выплате. НДФЛ удержанный проведен.
Следующий месяц начисление и выплата с настройкой учитывать задолженность с 01.01.2024, чтобы минус по сальдо закрыть.
Обратите внимание, минус должен быть перекрыт плюсом в течение месяца. Т.е. если в выплате 10,02 минус 5000 доход, то должна быть выплата в этом месяце, с доходом не менее 5000 (например, выплата первой половины). Иначе в справке 2НДФЛ будут отрицательные суммы в разбивке по периодам. 

Да. если поставить галочку возвращать излишне удержанный НДФЛ, то НДФЛ минусуется. А если в феврале у работника не будет выплат, он в отпуске и аванса не будет. А первая выплата пойдет уже в марте.(это будет зарплата за февраль), то как лучше сделать? В справке 2-НДФЛ действительно минус за февраль по коду 2000, но есть выплата по коду 2012 тоже за февраль

Тогда лучше воспользоваться первым вариантом - ввести документ Выплата первой половины с настройкой Корректировка и заполнить доход и НДФЛ с минусом вручную. Сумму к выплате 0. В следующей выплате зарплаты учесть задолженность по сальдо. Но нужно вводить в том же месяце, когда выдали больше.

Тогда получается поменяется документ конец месяца за январь?

Конец месяца - это расчет взносов с начислений. Если вы не вводите документов начисления, то не поменяется.