Сейчас возникла проблема..... При увольнении у сотрудника по коду 2000 получилась отрицательная база. Эта база не попадает ни в 2-НДФЛ ни в налоговую карточку. Сейчас как бы понятно.... можно как то что то сделать корректировками. Но как сдать 2-ндфл???? ведь там будет завышенная налогооблагаемая база

У Вас получилась минусовая сумма по виду дохода 2000, Налоговая инспекция не пропускает отрицательные суммы.
Необходимую сумму со знаком минус провести в том месяце, где есть положительное сальдо.
В документе НДФЛ пересчитается налог с начала года.