Сотруднику с февраля предоставили имущественный вычет, начислили отпускные в марте и выплатили в марте. Странное поведение предоставление имущественного вычета.
Но если выплату ставим апрелем и делаем перерасчет, то вычет предоставляется нормально, далее проводим документ, делаем непроведенным, ставим дату 31.03.2016, проводим. Вот такие танцы.
Все проверить не успел, но ошибка кроется в возврате суммы от обработки NDFL16.ERT в обработку ZARPLATA.ERT.
Во вложении:
Рис.1 Налоговый регистр без проведенного документа Выплата
Рис.2 Результат проведения документа Выплата в марте (последняя проводка)
Рис.3 Налоговый регистр после проведения документа Выплата.

PS. Документ НФДЛ не делает возврат излишне удержанной суммы.

Если ответ еще является актуальным, тогда установите SP03 к 87му релизу. Были внесены исправления в части применения имущественного вычета.