При формировании 6-НДФЛ не формируется отдельной строкой больничные листы.Т.е все считается в заработную плату , нет выделения между зп и больничным листом.Может что то нужно поправить мне в ручную?

Я так думаю, что надо разделить выплаты на две ведомости . У Вас они, скорее всего, одной суммой (собственно вся страна именно так и выплачивает, делят только по источникам финансирования, а не по кодам дохода, а тут нате - законотворцы родили 6 НДФЛ) Ну или проверьте в справочнике начислений для больничных у Вас должен стоять код дохода 2300.