Для расчетов, начиная с 2016 года в связи с изменением законодательства, в программе добавлена возможность
рассчитывать НДФЛ при выплате дохода.
Добавлена Константа «Рассчитывать НДФЛ при выплате».
Для того, чтобы в программе появилась возможность рассчитывать НДФЛ
при выплате дохода необходимо установить значение константы
«Рассчитывать НДФЛ при выплате» равное 1. При обновлении константа автоматически
устанавливается. Если рассчитывать НДФЛ при выплате не нужно, то значение
константы нужно установить раным 0.
В классификатор «Виды доходов» (#000000041). добавлен параметр #НДФЛПриВыплате. Для видов дохода, у которых данный признак установлен. НДФЛ будет рассчитан в момент выплаты дохода в помощнике «Межрасчетные выплаты» или «Выплата зарплаты». Для остальных видов дохода НДФЛ будет рассчитан в документе НДФЛ.
ВАЖНО! Для начислений, у которых для вида дохода установлен признак "#НДФЛПриВыплате"
равный 1 (не зарплата), НДФЛ рассчитывается только в помощниках «Межрасчетные выплаты»
и «Выплата зарплаты». После выплаты таких доходов расчет НДФЛ не требуется.
В документе НДФЛ рассчитывается налог только с доходов, у которых признак
"#НДФЛПриВыплате" равен 0 (зарплата). Рекомендуется рассчитывать документ НДФЛ
один раз в месяц после начисления зарплаты.

ПС: Раздел по НДФЛ - 2016 в Часто задаваемых вопросах