При проведении документа Выплата с выбранным помощником межрасчетных выплат проводки по стандартным вычетам формируются столько раз, сколько строк в документе по одному сотруднику, если выплата производится по разным начислениям. То есть стандартные вычеты удваиваются, утраиваются....
Это можно увидеть в Демобазе релиза 085 в документе Выплата № 1 от 12.01.2016.