После обновления до релиза 2.0.085 изменились проводки документа "НачСред".
Раньше при расчете компенсации отпуска раньше делалась проводка "ИСТ - ДОХ", теперь вместо нее формируется 2 проводки: "ДВП - 00" и "ИСТ - 00", в следствии чего документ "НДФЛ" не видит это начисление как доход и не удерживает налог.

ндфл рассчитывается при выплате.
Если Вам это не нужно , то поставьте константу Рассчитывать НДФЛ при выплате в 0 и перепроведите компенсацию.