Начисления, удержания, выплаты ведутся в разрезе источников доходов.
Как быть в ситуации, когда сотруднику выплачивается аванс за счет источника - допустим, с 211 КОСГУ,
затем выясняется, что ему надо начислить и выплатить Б/Л за счет источника с 213 КОСГУ.
В результате в конце месяца у сотрудника конечное сальдо складывается из отрицательного - по источнику (211) и положительного по источнику (213).
Есть ли возможность "закрыть" отрицательное сальдо, т.к. оно будет проходить по всем
отчетам, связанным с источниками доходов ?
Делали документ "Корректировка" для исправления таких "переливов", но за это прицепились проверяющие и указали, как ошибку.

По идее, Вы должны оформить возврат наличных средств в кассу организации по 211, а затем выдать по 213. Следовательно, в программе Вы оформляете это следующим образом:
1) вводите документ НачПростое по 211 красным
2) вводите документ НачПростое по 213 черным
3) вводите документ Выплата по 211 красным (Приходный кассовый ордер)
4) вводите документ Выплата по 213 черным (Расходный КО)

А документальное обоснование таких действий ?

1) и 2) Бухгалтерская справка с объяснением причин неправильного первичного начисления.
3) ПКО
4) РКО

Глав бух против такого манёвра
Хочется ей выплаты (и удержания) проводить без учета источников - мол, человеку все равно, какие это источники
Переубедить не могу

В том и дело, что сотруднику - все-равно. Дали ему один ПКО - удержали, РКО - выдали: просто приди распишись....
И как она будет проводить без учета КОСГУ.
Если есть возможность (читай, разрешение главного бухгалтера) исправить в бухучете на правильные косгу первую выдачу, то вообще нет проблем: исправляйте в выплате и начислениях. Но мне кажется, что денежки получили в кассу и выплатили по 211, и кассовый расход уже не исправишь....

Ага, и кассы - в смысле помещения для выдачи денех - фактически уже нет, все расчеты по банковским картам ...

А вести кассовую книгу можно хоть в космосе - помещение для этого не требуется.
Если Ваш главбух не догоняет - это его проблемы, а не Ваши как программиста.