Здравствуйте!
Если Вы пользуетесь правилами из этой темы
www.kaminsoft.ru/forum/zarplata5-5/1723-...nij-versiya-5-5.html
, то при переносе организации сопоставляются по ИНН и Наименованию. Так же, если в базах 3,5 присутствуют одни и те же сотрудники, то у них должны быть одинаковые Наименования И СНИЛС. Кроме этого сотрудники должны находиться в одинаковых папках.