База перенесена из КАМИН 3.5 (если это имеет значение) в марте 2019 г.
Вычеты ПО ВСЕМ сотрудникам (а не по кому-то одному) стоят, правильно применяются при расчете налога в документе "НДФЛ", но не выводятся ни в "Налоговом регистре по НДФЛ" по каждому сотруднику ни в справках 2-НДФЛ (в справке выходит сообщение, что налог исчисленный не равен рассчитанному - как раз из-за того что в справку не идут вычеты). Что это за ошибка и как ее убрать?
Релиз 5.5.34.5

Добрый день! Проверьте в справочнике Статьи финансирования не установлен ли флаг "не применять вычеты". Если установлен, снимите его и перепроведите документы НДФЛ.

Неужели помогло? Третья база переноса в этом году и во всех трех пришлось НДФЛ пересчитывать во всех документах выплат (не перепроводить, а именно пересчитывать). При этом заходить там в настройки и обновлять настройки НДФЛ (потому что необходимо округление до рублей). В общем, большая проблема

Вопрос с пересчетом НДФЛ после переноса не имеет отношения к данному вопросу. А в соответствии с особенностями переноса данных документ НДФЛ действительно необходимо именно перерассчитвать.