Здравствуйте,
Камин 5.5.21.4
Есть ведомость на выплату от 30.06.2017, срок перечисления - 03.07.2017 (рабочий день). Формируем 6-НДФЛ за 1-е полугодие с галочкой "Включать в раздел 2 только строки со сроком перечисления в отчетном периоде". Ведомость во 2-й раздел не попадает. Формируем 9 месяцев - ведомость опять не попадает. Но ведь она должна попасть в 3-й квартал?

А флажок "Включать в раздел 2 только строки со сроком перечисления в отчетном периоде" установлен при формировании отчета за 9ть месяцев?
Если установлен, а строки нет, тогда проверяйте заполнение удержанного налога в данной выплате от 30.06.