1. Штатное расписание занесли, из него нажали кнопку "Изменить ставки должностей", провели документ. В справочнике "Должности" ставки поменялись. Делаем документ "Изменение ставок" с вариантом заполнения "Заполнить по штатному расписанию" СТАВКИ или не меняются вовсе или прописывается старая (очень старая) и только кое-где встаёт как нужно.
2. В документе "Прием" при выборе должности не заполняются все остальные реквизиты (хотя они заполнены в справочнике "Должности") в частности ставка...

Такая же ошибка.
В модуле формы документа ИзменениеСтавок поменял запрос в Процедуре ОбновитьДанныеСотрудников:
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
| ШтатноеРасписаниеСрезПоследних.Подразделение,
| ШтатноеРасписаниеСрезПоследних.Должность,
| ШтатноеРасписаниеСрезПоследних.Ставка,
| ШтатноеРасписаниеСрезПоследних.ВидСтавки,
| ШтатноеРасписаниеСрезПоследних.Разряд
|ИЗ
| РегистрСведений.ШтатноеРасписание.СрезПоследних(
| &Дата,
| Организация = &Организация
| И ВидДвижения = &ВидДвижения) КАК ШтатноеРасписаниеСрезПоследних";


И ниже установить новый параметр:
Запрос.УстановитьПараметр("ВидДвижения", Перечисления.ВидыДвиженийШтатногоРасписания.ШтатноеРасписание);

Иначе выбираются все данные с видом движения Штатная Расстановка.
Может и не оптимально, но зато работает и быстрее чем ждать очередное обновление