В документы "Выплата" с видом операции "выплата аванса" был не правильно установлен период выплаты (июль 21026 вместо июнь 2016).
Исправляю период, перепровожу документ, смотрю движение документа. В регистре "Сальдо по зарплате"
остался старый период. В результате при выплате зарплаты программа не видит выплату аванса.