Здравствуйте!
Выплачиваю отпускные как з/п за отработанное время + сумма отпускных. Как правильно в программе внести выплату? Отдельно отпускные как Межрасчетные выплаты и отдельно Выплата з/п? Или же создать межрасч.выплату, где вручную внести общую сумму?

Здравствуйте.

Вы можете выплачивать отпускные: межрасчетной выплатой, если выплата происходит отдельно от зарплаты в межрасчетный период или документом Выплата зарплаты, если отпускные выплачиваются вместе с заработной платой. В любом случае при выплате будет исчислен и удержан НДФЛ с сумм отпускных.

Зарплата 10го числа. Человек идёт в отпуск с 10.09. я перечисляю отпускные+ зарплата за август документом Межрасчетная выплата 6.09. в документе указан расчетный период сентябрь. Верно?

Когда создаю Выплату з/п, то программа указывает все равно сумму з/п , которая уже выплачена при расчете отпускных в Межрасчетная.выплате. Если я просто удалю этого человека из документа Выплата з/п (за август)? Можно так?

Здравствуйте.

В Вашем случае (так как периоды разные) лучше сделать два документа: выплата зарплаты за август и межрасчетная выплата отпускных.