Non-existant user

Мы пользователи и наше мнение должно учитываться.

Ваше мнение учитывается. Но при этом должно учитываться мнение ещё десятка тысяч пользователей, и то что удобно одному, не должно доставить проблем остальным. Поэтому прежде чем реализовывать очередное предложение мы пытаемся получить ответ на вопросы:
1. Оно действительно будет востребовано значительному количеству пользователей?
2. Не создаст ли оно неудобство в работе или проблемы у текущих пользователей?
И очень хорошо, когда ведется дискуссия и обсуждение! (за исключением случаев когда это переходит в оскорбления или "ругань")

Non-existant user

А плодить одно и тоже начисление 150 раз - это "косяк" программы.

Судя из текста переписки речь идет о добавлении второго начисления с периодичностью раз в год (и не факт что в будущем потребуется создавать ещё одно). Цифра "150" кажется несколько преувеличенной и в контексте данного обсуждения достичь её удастся в лучшем случае через 148 лет (при условии что оно будет каждый год меняться, в чем я искренне сомневаюсь)

Non-existant user

Как определить, какое начисление надо выбрать в этом году? Или заводить название Командировочные сверх норматива берется в ФСС? Полная глупость.

Почему же, вполне можно указать в названии "Командировочные сверх норматива 2017". А для полного удобства пользователя можно создать папку "Не используемые" и перенести в неё.

Non-existant user

Нужно делать так, чтобы удобно было пользователю. Не можете - не отвечайте.

Вам отвечает такой же пользователь (правда с огромным опытом работы и знанием предметной области) и точно также имеет право высказать своё мнение.

У вашего предложения тоже есть ряд недостатков:
1. Если переносить настройку в документ, то пользователю каждый раз нужно её проверять и отслеживать. Кроме того, по такому принципу нужно переносить в документ и другие настройки (и не только по начислению). Это приведет к "разрастанию" настроек в документах и снижению удобства работы с программой.
2. Если делать настройку периодическую (отдельный вопрос к тому, какая должна быть периодичность при этом), то исходя из предложенной концепции тоже самое надо делать и для других параметров начисления, да и не только для начислений но и других объектов конфигурации. Но не факт что это не ухудшит ситуацию, т.к. часто при работе с периодическими данными пользователи допускают ошибки (указывая не те даты или не редактируя то что заполнилось по-умолчанию)