27 сентября были выплачены отпускные (период отпуска с 02.10.2017 по 20.10.2017) сотруднику и заплачен НДФЛ с них. Сейчас сотрудник приносит больничный лист за весь период отпуска, продлевать отпуск не хочет.
Как сейчас быть? Как правильно все провести в программе?

Сделать отзыв из отпуска документом Корректировка отпуска и исключить кол-во дней отпуска, когда сотрудник находился на б/л.
Если это все пределах одного месяца, то в документ Выплата подтянется сумма и с минусом и налог, по месяцу это все выравняется.
Если нет, то в документе Корректировка есть поле "отнести на вид дохода" и выберите 2000, сторно пойдет по заработной плате.

А если отнести на вид дохода 2300, сторно по б.л. пойдет? Дело в том, что больничные листы сотрудник приносит какие то в октябре и какие то в ноябре.
Я в октябре сделала корректировку отпуска а больничный лист принесли пока только на часть больничного. В ноябре принесли на другую часть больничного и еще неизвестно сколько больничный лист продлится может и до конца года.

Мы не рекомендуем так делать. Можете уточнить в Вашей ФНС можно так или нет.