В июле 2 сотрудникам начислили зп за июль 27 июля и выплатили.
В итоге в 6-НДФЛ получилась строка:
Дата получения дохода 31.07.2017
Дата удержания 27.07.2017
Дата перечисления 28.07.2017

Сбис выдает предупреждение, что дата получения не может быть раньше даты удержания.
Надо ли руками исправлять в 6-НДФЛ 31.07.2017 на 27.07.2017?

В НК нет оговорок о случае, когда зарплата выплачена досрочно.
Это значит, что для заполнения строки 100 в части оплаты труда применяется единый порядок.
И даже при досрочной выплате зарплаты (до окончания месяца) по строке 100 Расчета отражается последний день месяца.

Подробнее данный момент отражения в 6-НДФЛ можно изучить тут:
glavkniga.ru/situations/k501833